В продолжении первой части перезапуска «Евангелиона» зрителей ждет встреча с пилотом Аской Лэнгли Сикинами, а также с новым персонажем – Мари Макинами, сражающейся в Евангелионе-05. Синдзи пока еще живет у Мисато и до сих пор не привык к своей роли одного из спасителей человечества, и общение с Рэй почти не помогает найти ответы на все интересующие Синдзи вопросы. Так что знакомство с новыми пилотами даст Синдзи возможность увидеть, как другие ребята справляются со своей нелегкой работой и проблемами взросления.
Пытаясь построить отношения к окружающими, Синдзи все сильнее привязывается к Рэй Аянами – девушке, которая была пилотом Евы до него и которая странным образом отличается от окружающих. Не последнюю роль в грядущих событиях сыграет Каору Нагиса – пилот Евы-06, от чьих действий будет зависеть судьба всего человечества. Все ближе час, когда произойдет Третий Удар – новая глобальная катастрофа, которая раз и навсегда изменит облик человечества, если не сотрет его с лица Земли.